A nagy hatásfokú szűrőelemek tisztítása általában nem javasolt, hanem közvetlenül cserélni.
A nagy hatásfokú szűrőket, akár légtisztítókban, akár frisslevegő-fúvókban használják, általában nem ajánljuk tisztításra a magas szűrési hatékonyságuk miatt. Ennek az az oka, hogy a nagy hatásfokú szűrőelem kialakítása és anyaga jelentősen csökkenti a szűrési hatékonyságot, ha a por már telítődik, és az eltömődés miatt akár a friss levegő átjutásának hatékonyságát is befolyásolhatja. Ezenkívül a nagy hatásfokú szűrő tisztítási kísérletei a részecskék eltömődését okozhatják a szűrő belsejében, ami tovább fokozza a teljesítmény romlását. Ezért a nagy hatásfokú szűrőelemeknél inkább az új szűrőelem közvetlen cseréje javasolt, hogy biztosítva legyen a berendezés normál működése és szűrőhatása.
Bár egyes közepes és elsődleges hatásfokú szűrőelemek a gyártó követelményei szerint tisztíthatók, ez a nagy hatásfokú szűrőelemekre nem vonatkozik. Ezért az ilyen berendezések karbantartása során különös figyelmet kell fordítani a különböző típusú szűrőelemek megkülönböztetésére és a gyártó ajánlásainak betartására a berendezés teljesítményének és élettartamának biztosítása érdekében.